Tidak semua penyakit ditanggung BPJS Kesehatan. Berdasar Peraturan Presiden Nomor 82 tahun 2018 tentang Jaminan Kesehatan berikut sejumlah penyakit yang tidak ditanggung.

1. Penyakit yang berupa wabah atau kejadian luar biasa.
2. Perawatan yang berhubungan dengan kecantikan dan estetika, operasi plastic, misalnya.
3. Perawatan gigi seperti pemasangan kawat gigi.
4. Penyakit akibat tindak pidana, seperti penganiayaan, kekerasan seksual.
5. Cidera akibat sengaja menyakiti diri sendiri atau usaha bunuh diri.
6. Penyakit akibat konsumsi alkohol atau ketergantungan obat.
7. Pengobatan mandul atau infertilitas.
8. Cidera akibat kejadian yang tidak bisa dicegah, seperti perkelahian.
9. Pelayanan kesehatan yang dilakukan di luar negeri.
10. Tindakan medis yang dikategorikan sebagai percobaan.
11. Pengobatan komplementer, alternatif, dan tradisional yang belum dinyatakan efektif berdasarkan penilaian teknologi kesehatan.
12. Alat kontrasepsi.
13. Perbekalan kesehatan rumah tangga.
14. Pelayanan kesehatan yang tidak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang terdiri dari rujukan atas permintaan sendiri dan pelayanan kesehatan lain yang tidak sesuai peraturan perundang-undangan.
15. Pelayanan kesehatan pada  fasilitas kesehatan yang tidak bekerja sama dengan BPJS Kesehatan (kecuali kondisi darurat).
16. Pelayanan kesehatan terhadap penyakit atau cidera akibat kecelakaan kerja atau hubungan kerja yang telah dijamin oleh program jaminan kecelakaan kerja atau menjadi tanggungan pemberi kerja,
17. Pelayanan kesehatan yang dijamin oleh program jaminan kecelakaan lalu lintas yang bersifat wajib sampai nilai yang ditanggung oleh program jaminan kecelakaan lalu lintas sesuai hak kelas rawat peserta.
18. Pelayanan kesehatan tertentu yang berkaitan dengan Kementerian Pertahanan, TNI, dan Polri.
19. Pelayanan kesehatan yang diselenggarakan dalam rangka bakti sosial.
20. Pelayanan yang sudah ditanggung dalam program lain.
21. Pelayanan lainnya yang tidak ada hubungan dengan manfaat jaminan kesehatan yang diberikan. []